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說到基因測序,理想主義者喜歡拋出一對大數(shù)據(jù):例如英國生物庫計劃解譯 50 萬人的基因組,冰島計劃研究該國所有人的基因組。2 月 23 日,在由美國史密森尼生物多樣性基因組學計劃和中國深圳華大基因共同組織的一次會議上,一小群研究人員甚至將賭注押得更高:宣布他們計劃***終對“地球上的所有生命”進行測序。
他們的計劃被稱作地球生物基因組計劃(EBP),目前尚未收到任何具體資助,且可能至少耗費數(shù)十億美元。加州大學戴維斯分校進化生物學家 Harris Lewin 是該群體的成員,他們在兩年前有了這個設想,Lewin 表示 EBP 可通過聚焦真核生物——包括所有植物、動物和單細胞有機物如變形蟲的有機物群體,在實現(xiàn)其大膽的目標上邁出***步。
這一戰(zhàn)略和 EBP 的整體概念在 2017 年生物基因組學會議上遇到了知音,這是近日保護生物學家、進化生物學家、系統(tǒng)生物學家和其他對工作中應用基因組學感興趣的生物學家進行的一次集會?!斑@是一個非常好的想法?!奔又菔サ陝游飯@自然保護研究所保護生物學家 Oliver Ryder 說,“如果我們真的想了解生命如何演化,基因組生物學將是其中的一部分。”
Ryder 和一些人將 EBP 和人類基因組計劃進行對比,后者在 30 多年前一開始也是一項雄心勃勃、充滿爭議、在技術上貌似不可實現(xiàn)的項目。然而,相關工作***終不僅測出了***人類基因組序列,還開發(fā)了處于醫(yī)學前沿的許多全新 DNA 技術,并成為價值 200 億美元的產業(yè)的基礎。Lewin 說:“人們已經從人類基因組經驗中了解到它(測序)在生物學上是一個巨大的進步?!?/span>
目前,EBP 的許多細節(jié)仍在研究之中。但正如現(xiàn)在提出的,***步將是詳細地測量真核生物家族(總體約有 9000 個)每個成員的 DNA,從而建立標準參照基因組或比人類基因組更好的參照。下一步將是對每類包含 15 萬至 20 萬屬種的物種進行測序。***終,EBP 參試者將獲得已知真核物種的 150 萬個基因組。EBP 組織者、行為遺傳學家、伊利諾伊大學卡爾?伍斯基因組生物學研究所所長 Gene Robinson 說,這些低分辨率基因組可以根據(jù)需要通過將其與家族參照進行對比或進行更多測序而得到提升。
Lewin、Robinson 和 EBP 共同組織者、史密森尼國家自然歷史博物館進化生物學家 John Kress 估測,整個真核生物測序工作的花費可能相當于***人類基因組測序的花費。彼時,讀取和整理構成人類基因組的 30 億個堿基花費了約 27 億美元,這在今天相當于 48 億美元。其組織者表示,如果有相當可觀的資助,那么 EBP 的真核生物研究可能在 10 年之內完成。
這樣的樂觀態(tài)度源于 DNA 測序成本的不斷下降,來自加州山景城***基因公司的一名報告人稱,該公司打算在一年內花費約 100 美元粗略繪制整個真核生物基因組序列。同時,測序技術的不斷提高也使得研究人員用更合理的價格測出更高質量的基因組成為可能。Lewin 說:“這在某種程度上非常明確,對地球上所有生物進行測序是可能的?!?/span>
此外,還有來自基因組學領域巨頭的貢獻,比如中國的華大基因、英國的惠康信托桑格研究所等。但在近日的計劃會議上,EBP 面臨的嚴峻挑戰(zhàn)非常清晰,甚至超過了資金的范疇。盡管來自巴西、中國和英國的研究人員表示他們的國家在某種程度上都非??释麉⑴c,但參與會議的 20 人均強調加強國際化程度的必要性,包括發(fā)展中國家尤其是那些擁有豐富生物多樣性國家的參與將會影響該計劃的***終結果。他們提議 EBP 幫助那些地區(qū)測序、培訓技術專家及夯實其相關能力。哥本哈根丹麥自然歷史博物館進化生物學家 Thomas Gilbert 說, 全球基因組生物多樣性網(wǎng)絡(GGBN)正在編輯來自全球博物館和其他生物庫的清單和標本圖像,這將會提供所需要的許多 DNA,但仍需要更廣泛的參與。
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