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使用核酸提取磁珠進(jìn)行DNA、RNA的提取,相比于傳統(tǒng)的氯仿異戊醇抽提法和離心柱試劑盒法,還有較多人對(duì)本方法存在一些誤區(qū),針對(duì)磁珠使用過(guò)程中的常見(jiàn)問(wèn)題進(jìn)行闡述與分析,為使用者解答疑惑。
誤區(qū)一:核酸提取磁珠使用的越多,提取效果越好
核酸提取磁珠的主要特點(diǎn)是既可以分散于液體中,也可以在外加磁場(chǎng)作用下以固態(tài)方式和液相分離,任何試劑體系,磁珠和液體的比例都應(yīng)該是有一定閾值的,超過(guò)一定的比例,過(guò)多的磁珠將因?yàn)闊o(wú)法均勻分散于液體中,而喪失其分散的特性,也使得洗滌過(guò)程中無(wú)法充分增加核酸磁珠和液體接觸的效率。而過(guò)量的磁珠也會(huì)吸附更多的雜質(zhì),對(duì)于除雜的效果影響非常大。甚***有些時(shí)候,過(guò)多的磁珠會(huì)吸附蛋白酶、溶菌酶等在液體體系中起主要作用的功能成分,導(dǎo)致整個(gè)試劑盒效率低下。有很多時(shí)候,在提取效果不佳的時(shí)候,減少磁珠使用量,反而是提升提取效果的***優(yōu)途徑。
通常情況下,磁珠法試劑盒給出的參考磁珠用量都是略微過(guò)量的,因此需要增加磁珠用量改善吸附效率的情況并不多,但如果確定是磁珠用量不足導(dǎo)致的提取效果不好,是可以在一定范圍內(nèi)通過(guò)增加磁珠用量來(lái)改善提取效果的。
以GNT-02系列核酸提取磁珠為例,在提取常量樣本(植物組織,全血等)時(shí),通常用量為10ul/次;在提取微量樣本(如血清游離DNA,口腔拭子等)時(shí),磁珠用量為15~20ul/次。如需超過(guò)這個(gè)使用量,需要和技術(shù)工程師進(jìn)行溝通。
誤區(qū)二:試劑使用的越多,提取效果越好
裂解液是提取過(guò)程中的重要成分,裂解效果不好?多加點(diǎn)裂解液。洗滌效果不好?多加點(diǎn)洗滌液。這是很多客戶在使用試劑盒中的慣性思維。
但是對(duì)于磁珠法而言,每增加一部分液體體積,就減少了更多的磁珠碰撞幾率,而降低磁珠碰撞幾率,會(huì)導(dǎo)致吸附率的大幅度下降。所以很多時(shí)候,雖然增加裂解液和洗滌液確實(shí)能夠起到增強(qiáng)裂解和增強(qiáng)洗滌的作用,但磁珠法提取的核心是磁珠吸附核酸的效率,無(wú)法保證核酸提取磁珠碰撞效率是不能保證核酸提取效率的,所以單純?cè)黾釉噭┦褂昧扛纳铺崛⌒Ч⒉灰欢ㄍ耆行А?/span>
對(duì)于GNT-B02全血基因組DNA試劑盒而言,一般裂解液使用量不應(yīng)超過(guò)400ul/次,洗滌液使用量不應(yīng)超過(guò)500ul/次。如果確實(shí)需要放大體系,磁珠和樣本用量也應(yīng)該相應(yīng)增加,這種放大不一定是等比例的。
誤區(qū)三:洗滌次數(shù)越多,提取效果越好
提取得到的核酸雜質(zhì)過(guò)多時(shí),使用者會(huì)考慮多進(jìn)行幾次洗滌,以得到更為純凈的核酸。增加洗滌次數(shù)確實(shí)有利于提純核酸,但考慮到每次洗滌都會(huì)損失一定量的核酸,且增加了核酸斷裂水解的可能性,所以一般來(lái)說(shuō)洗滌次數(shù)控制在2~4次為宜。
GNT系列的試劑盒,單一純化類試劑盒的洗滌次數(shù)為2次,植物、動(dòng)物類試劑盒的洗滌次數(shù)為3次,血液類試劑盒洗滌次數(shù)為3~4次。
誤區(qū)四:樣本取用的越多,提取效果越好
在樣本不夠新鮮或者核酸含量本身就很少的情況下,往往核酸提取效果不好,很多老師就會(huì)采用多取樣本的方式增加核酸提取量。
但簡(jiǎn)單地增加樣本取樣量,有時(shí)會(huì)引入過(guò)多的雜質(zhì),超出裂解液裂解能力,也會(huì)使提取效率降低,所以并不推薦通過(guò)簡(jiǎn)單的增加樣本取樣量的方式來(lái)達(dá)到增加提取量的目的。
如果確實(shí)是由于樣本量不足而引起的提取量過(guò)低,建議在前處理先經(jīng)過(guò)富集或者濃縮步驟再開(kāi)始提取?;蛘咴黾恿呀獾耐耆?,使更多的核酸暴露出來(lái)也是一種解決方法。
誤區(qū)五:某一種磁珠好,就應(yīng)該在所有試驗(yàn)中效果都好
核酸提取磁珠的種類是多種多樣的,粒徑大小不同,分散性不同,磁響應(yīng)時(shí)間不同,包被基礎(chǔ)基質(zhì)不同,外層修飾官能團(tuán)不同,包被密度不同,官能團(tuán)臂長(zhǎng)不同,會(huì)導(dǎo)致磁珠特性千差萬(wàn)別。
所以不同磁珠所適應(yīng)的實(shí)驗(yàn)和體系也是不同的。就像同樣是核酸提取的試劑,配方也并不完全相同,同樣應(yīng)用于核酸提取的磁珠,性質(zhì)也并非完全一致。
有的磁珠在常量核酸提取中表現(xiàn)出了更高的吸附效率,有的磁珠更適用于微量核酸提取。有的磁珠適合偏酸性系列的試劑體系,有的磁珠適合偏堿性系列的試劑體系。有的磁珠磁響應(yīng)性好但是沉降速度快,更適合磁棒式自動(dòng)提取儀;有的磁珠沉降速度慢但是磁響應(yīng)時(shí)間長(zhǎng),更適合移液式自動(dòng)提取儀。
很少有一種磁珠能適用于所有實(shí)驗(yàn)的情況,除了固定的試劑盒配合,多數(shù)情況下,磁珠和試劑體系都要做一定時(shí)間的配合調(diào)整。
誤區(qū)六:和某種試劑盒對(duì)比效果不好,就是磁珠不好
很多客戶在篩選磁珠過(guò)程中都是在已經(jīng)成熟試劑體系下,簡(jiǎn)單地等量替換磁珠,用于比較磁珠效果。
這樣就會(huì)很容易得出某種磁珠效果不好的結(jié)論,但實(shí)際上,由于不同核酸提取磁珠適合的體系和用量是不同的,往往需要調(diào)整過(guò)后才能獲得更好的提取效果。
吉恩特生物(www.annegeddes.cc)除了生產(chǎn)磁珠和試劑盒外,也提供磁珠提取技術(shù)服務(wù),包括幫助客戶調(diào)整磁珠的用量和試劑的細(xì)節(jié),讓客戶能夠找到更適用的體系獲得***佳的實(shí)驗(yàn)效果。
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