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隨著兩篇***新研究論文在***學(xué)術(shù)期刊《自然》正式上線,人類Y染色體的完整序列終于展現(xiàn)在世人面前。這條染色體是人類的性別決定染色體之一,也是人類46條染色體中***后一條完全解碼的染色體。在國(guó)際科研團(tuán)隊(duì)“端粒到端?!甭?lián)盟(T2T)的通力合作下,***新版的人類參考基因組(被命名為T2T-CHM13)問(wèn)世,包括所有22條常染色體和X染色體的“無(wú)縫組裝”,含有30.55億對(duì)堿基。這份參考基因組達(dá)到了***的完整程度,解開(kāi)了染色體著絲粒等結(jié)構(gòu)復(fù)雜的區(qū)域。然而,人類參考基因組中的Y染色體,仍有一大半序列是缺失的。
Y染色體成為人類基因組的***后謎團(tuán),與其重復(fù)結(jié)構(gòu)的異常復(fù)雜有關(guān)。所有染色體都有一些重復(fù)序列,但在Y染色體中,重復(fù)序列所占的篇幅特別大,將近一半——約3000萬(wàn)個(gè)堿基是重復(fù)序列,因此要把測(cè)序讀取到的片段重新拼裝起來(lái)就特別困難。玩過(guò)拼圖的朋友知道,缺乏線條的純色圖案***具挑戰(zhàn)性。
為了解決這一難題,T2T聯(lián)盟領(lǐng)導(dǎo)的這項(xiàng)新研究應(yīng)用了前沿的長(zhǎng)讀取測(cè)序技術(shù)和新型的計(jì)算組裝方法,借鑒此前無(wú)縫組裝人類其他染色體時(shí)的成功經(jīng)驗(yàn),***完成了Y染色體的測(cè)序和組裝。其結(jié)果填補(bǔ)了Y染色體長(zhǎng)度50%以上的空白,同時(shí)糾正了原先人類參考基因組序列中Y染色體上的多個(gè)錯(cuò)誤。
全球100多名研究人員組成的團(tuán)隊(duì)對(duì)人類Y染色體進(jìn)行了***測(cè)序
“***大的驚喜是,那些重復(fù)序列是如此有序?!闭撐耐ㄓ嵶髡?、T2T聯(lián)盟的聯(lián)合主席Adam Phillippy博士在美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)的新聞稿中指出,“過(guò)去我們不知道缺失的序列是如何組成的,有可能非?;靵y。但事實(shí)相反,染色體中近一半由兩段特定的重復(fù)序列——即‘衛(wèi)星DNA’——交替組成,構(gòu)成了拼布一般的圖案。”
根據(jù)此次獲得的完整序列(T2T-Y),人類的Y染色體由62,460,029對(duì)堿基組成??茖W(xué)家們從中新鑒定出了41個(gè)過(guò)去未知的蛋白編碼基因,也揭示了影響生育的重要基因組特征。
一條人類Y染色體的完整序列
例如,Y染色體有一段被稱為“無(wú)精子癥因子區(qū)”,包含了與精子生成有關(guān)的幾個(gè)基因。而這段DNA中有一組回文序列。這種回文結(jié)構(gòu)會(huì)形成環(huán)狀結(jié)構(gòu)(DNA loop),有時(shí)DNA環(huán)被意外切斷,造成缺失。而“無(wú)精子癥因子區(qū)”的DNA缺失會(huì)破壞精子生成,導(dǎo)致不育。研究人員指出,有了完整的Y染色體序列,現(xiàn)在就可以更精確地分析這類缺失及其對(duì)精子生成的影響。
這項(xiàng)研究還***關(guān)注了TSPY(testis-specific protein Y)基因家族,即***特異性蛋白編碼基因,新發(fā)現(xiàn)的41個(gè)基因中有38個(gè)屬于這一家族。它們的一大特征是串聯(lián)重復(fù)拷貝非常多。研究人員在分析這一區(qū)域時(shí)發(fā)現(xiàn),不同的個(gè)體含有的TSPY拷貝10~40個(gè)不等。
Y染色體不僅結(jié)構(gòu)復(fù)雜,還是人類染色體中變化速度***快的染色體,《自然》同期發(fā)表的另一篇研究論文便揭示了Y染色體在不同人群中的演化和變異。
研究團(tuán)隊(duì)一共組裝了43條來(lái)自不同男性個(gè)體的Y染色體,他們來(lái)自全球21個(gè)不同種群。這些組合提供了人類Y染色體在18.3萬(wàn)年間遺傳變異的詳細(xì)視圖,揭示了新的DNA序列、保守區(qū)域的特征,并揭示了造成Y染色體復(fù)雜結(jié)構(gòu)的分子機(jī)制。
完整的人類Y染色體序列將為許多新發(fā)現(xiàn)打開(kāi)大門。除了與性別決定有關(guān)的特征外,Y染色體上的基因?qū)θ祟惖钠渌誀詈图膊∫灿杏绊?,比如癌癥的患病風(fēng)險(xiǎn)和嚴(yán)重程度?;赮染色體的完整序列,后續(xù)將有更多研究可以圍繞影響癌癥或其他疾病的臨床相關(guān)基因深入探索。
RNA提取磁珠屬于納米生物磁珠的一種,主要作用是用于核酸提取過(guò)程中的RNA提取,粒徑分布在500nm左右,是洛陽(yáng)吉恩特生物自主研發(fā)生產(chǎn)的高分子納米磁性微球,該磁珠懸浮時(shí)間長(zhǎng),磁響應(yīng)時(shí)間迅速,對(duì)DNA甲基化過(guò)程中的提取環(huán)節(jié)提供良好的支持,可明顯縮短實(shí)驗(yàn)時(shí)間,提高實(shí)驗(yàn)效率,并在提取結(jié)果上保持穩(wěn)定,配合核酸提取儀,更能實(shí)現(xiàn)快速的RNA提取。
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